C stack usage error with SQL in R notebook - sql

Question

Problem
I just started using R notebooks and was impressed with being able to use SQL chunks. However I have run into a bizarre problem.
My code within the notebook looks something like the following
```{r}
library(RSQLite)
library(plyr)
library(Matrix)
```
```{r}
sessionInfo()
```
```{r}
dbName = '/home/my_db.db'
db <- dbConnect(SQLite(), dbname=dbName)
```
```{sql connection=db, max.print=10}
SELECT * FROM EVENTS_ID
```
The error I get is
Error: C stack usage 7969396 is too close to the limit
Failed to execute SQL chunk
Now I have a further SQL query further in the notebook that when executed gives a similar error with a different number,
Error: C stack usage 7969604 is too close to the limit
Failed to execute SQL chunk
The most strange thing about this however is that the code was running fine previously and I've made no changes that I can think of.
Attempted Solutions/Debugging
1) Restarted computer. Still get the same errors.
2) Changed the code to the following to rule out database table error
```{sql connection=db}
SELECT 1
```
Still got the same error.
Current Workaround
I can workaround the issue by doing everything in R instead of the SQL chunk i.e.
```{r}
query <- gsub(pattern='\\s',replacement=" ",x="SELECT * FROM EVENTS_ID LIMIT 10")
dbGetQuery(db, query)
```
This works but I would like to use the SQL chunks if possible.
Further Info
When running traceback() after the error I get the following which may suggest there is some kind of as.vector recursion error
936: as.vector(x, mode)
935: as.vector(x, mode)
934: as.vector(x, mode)
933: as.vector(x, mode)
932: as.vector(x, mode)
931: as.vector(x, mode)
930: as.vector(x, mode)
929: as.vector(x, mode)
928: as.vector(x, mode)
927: as.vector(x, mode)
926: as.vector(x, mode)
925: as.vector(x, mode)
924: as.vector(x, mode)
923: as.vector(x, mode)
922: as.vector(x, mode)
921: as.vector(x, mode)
920: as.vector(x, mode)
919: as.vector(x, mode)
918: as.vector(x, mode)
917: as.vector(x, mode)
916: as.vector(x, mode)
915: as.vector(x, mode)
914: as.vector(x, mode)
913: as.vector(x, mode)
912: as.vector(x, mode)
911: as.vector(x, mode)
910: as.vector(x, mode)
909: as.vector(x, mode)
908: as.vector(x, mode)
907: as.vector(x, mode)
906: as.vector(x, mode)
905: as.vector(x, mode)
904: as.vector(x, mode)
903: as.vector(x, mode)
902: as.vector(x, mode)
901: as.vector(x, mode)
900: as.vector(x, mode)
899: as.vector(x, mode)
898: as.vector(x, mode)
897: as.vector(x, mode)
896: as.vector(x, mode)
895: as.vector(x, mode)
894: as.vector(x, mode)
893: as.vector(x, mode)
892: as.vector(x, mode)
891: as.vector(x, mode)
890: as.vector(x, mode)
889: as.vector(x, mode)
888: as.vector(x, mode)
887: as.vector(x, mode)
886: as.vector(x, mode)
885: as.vector(x, mode)
884: as.vector(x, mode)
883: as.vector(x, mode)
882: as.vector(x, mode)
881: as.vector(x, mode)
880: as.vector(x, mode)
879: as.vector(x, mode)
878: as.vector(x, mode)
877: as.vector(x, mode)
876: as.vector(x, mode)
875: as.vector(x, mode)
874: as.vector(x, mode)
873: as.vector(x, mode)
872: as.vector(x, mode)
871: as.vector(x, mode)
870: as.vector(x, mode)
869: as.vector(x, mode)
868: as.vector(x, mode)
867: as.vector(x, mode)
866: as.vector(x, mode)
865: as.vector(x, mode)
864: as.vector(x, mode)
863: as.vector(x, mode)
862: as.vector(x, mode)
861: as.vector(x, mode)
860: as.vector(x, mode)
859: as.vector(x, mode)
858: as.vector(x, mode)
857: as.vector(x, mode)
856: as.vector(x, mode)
855: as.vector(x, mode)
854: as.vector(x, mode)
853: as.vector(x, mode)
852: as.vector(x, mode)
851: as.vector(x, mode)
850: as.vector(x, mode)
849: as.vector(x, mode)
848: as.vector(x, mode)
847: as.vector(x, mode)
846: as.vector(x, mode)
845: as.vector(x, mode)
844: as.vector(x, mode)
843: as.vector(x, mode)
842: as.vector(x, mode)
841: as.vector(x, mode)
840: as.vector(x, mode)
839: as.vector(x, mode)
838: as.vector(x, mode)
837: as.vector(x, mode)
836: as.vector(x, mode)
835: as.vector(x, mode)
834: as.vector(x, mode)
833: as.vector(x, mode)
832: as.vector(x, mode)
831: as.vector(x, mode)
830: as.vector(x, mode)
829: as.vector(x, mode)
828: as.vector(x, mode)
827: as.vector(x, mode)
826: as.vector(x, mode)
825: as.vector(x, mode)
824: as.vector(x, mode)
823: as.vector(x, mode)
822: as.vector(x, mode)
821: as.vector(x, mode)
820: as.vector(x, mode)
819: as.vector(x, mode)
818: as.vector(x, mode)
817: as.vector(x, mode)
816: as.vector(x, mode)
815: as.vector(x, mode)
814: as.vector(x, mode)
813: as.vector(x, mode)
812: as.vector(x, mode)
811: as.vector(x, mode)
810: as.vector(x, mode)
809: as.vector(x, mode)
808: as.vector(x, mode)
807: as.vector(x, mode)
806: as.vector(x, mode)
805: as.vector(x, mode)
804: as.vector(x, mode)
803: as.vector(x, mode)
802: as.vector(x, mode)
801: as.vector(x, mode)
800: as.vector(x, mode)
799: as.vector(x, mode)
798: as.vector(x, mode)
797: as.vector(x, mode)
796: as.vector(x, mode)
795: as.vector(x, mode)
794: as.vector(x, mode)
793: as.vector(x, mode)
792: as.vector(x, mode)
791: as.vector(x, mode)
790: as.vector(x, mode)
789: as.vector(x, mode)
788: as.vector(x, mode)
787: as.vector(x, mode)
786: as.vector(x, mode)
785: as.vector(x, mode)
784: as.vector(x, mode)
783: as.vector(x, mode)
782: as.vector(x, mode)
781: as.vector(x, mode)
780: as.vector(x, mode)
779: as.vector(x, mode)
778: as.vector(x, mode)
777: as.vector(x, mode)
776: as.vector(x, mode)
775: as.vector(x, mode)
774: as.vector(x, mode)
773: as.vector(x, mode)
772: as.vector(x, mode)
771: as.vector(x, mode)
770: as.vector(x, mode)
769: as.vector(x, mode)
768: as.vector(x, mode)
767: as.vector(x, mode)
766: as.vector(x, mode)
765: as.vector(x, mode)
764: as.vector(x, mode)
763: as.vector(x, mode)
762: as.vector(x, mode)
761: as.vector(x, mode)
760: as.vector(x, mode)
759: as.vector(x, mode)
758: as.vector(x, mode)
757: as.vector(x, mode)
756: as.vector(x, mode)
755: as.vector(x, mode)
754: as.vector(x, mode)
753: as.vector(x, mode)
752: as.vector(x, mode)
751: as.vector(x, mode)
750: as.vector(x, mode)
749: as.vector(x, mode)
748: as.vector(x, mode)
747: as.vector(x, mode)
746: as.vector(x, mode)
745: as.vector(x, mode)
744: as.vector(x, mode)
743: as.vector(x, mode)
742: as.vector(x, mode)
741: as.vector(x, mode)
740: as.vector(x, mode)
739: as.vector(x, mode)
738: as.vector(x, mode)
737: as.vector(x, mode)
736: as.vector(x, mode)
735: as.vector(x, mode)
734: as.vector(x, mode)
733: as.vector(x, mode)
732: as.vector(x, mode)
731: as.vector(x, mode)
730: as.vector(x, mode)
729: as.vector(x, mode)
728: as.vector(x, mode)
727: as.vector(x, mode)
726: as.vector(x, mode)
725: as.vector(x, mode)
724: as.vector(x, mode)
723: as.vector(x, mode)
722: as.vector(x, mode)
721: as.vector(x, mode)
720: as.vector(x, mode)
719: as.vector(x, mode)
718: as.vector(x, mode)
717: as.vector(x, mode)
716: as.vector(x, mode)
715: as.vector(x, mode)
714: as.vector(x, mode)
713: as.vector(x, mode)
712: as.vector(x, mode)
711: as.vector(x, mode)
710: as.vector(x, mode)
709: as.vector(x, mode)
708: as.vector(x, mode)
707: as.vector(x, mode)
706: as.vector(x, mode)
705: as.vector(x, mode)
704: as.vector(x, mode)
703: as.vector(x, mode)
702: as.vector(x, mode)
701: as.vector(x, mode)
700: as.vector(x, mode)
699: as.vector(x, mode)
698: as.vector(x, mode)
697: as.vector(x, mode)
696: as.vector(x, mode)
695: as.vector(x, mode)
694: as.vector(x, mode)
693: as.vector(x, mode)
692: as.vector(x, mode)
691: as.vector(x, mode)
690: as.vector(x, mode)
689: as.vector(x, mode)
688: as.vector(x, mode)
687: as.vector(x, mode)
686: as.vector(x, mode)
685: as.vector(x, mode)
684: as.vector(x, mode)
683: as.vector(x, mode)
682: as.vector(x, mode)
681: as.vector(x, mode)
680: as.vector(x, mode)
679: as.vector(x, mode)
678: as.vector(x, mode)
677: as.vector(x, mode)
676: as.vector(x, mode)
675: as.vector(x, mode)
674: as.vector(x, mode)
673: as.vector(x, mode)
672: as.vector(x, mode)
671: as.vector(x, mode)
670: as.vector(x, mode)
669: as.vector(x, mode)
668: as.vector(x, mode)
667: as.vector(x, mode)
666: as.vector(x, mode)
665: as.vector(x, mode)
664: as.vector(x, mode)
663: as.vector(x, mode)
662: as.vector(x, mode)
661: as.vector(x, mode)
660: as.vector(x, mode)
659: as.vector(x, mode)
658: as.vector(x, mode)
657: as.vector(x, mode)
656: as.vector(x, mode)
655: as.vector(x, mode)
654: as.vector(x, mode)
653: as.vector(x, mode)
652: as.vector(x, mode)
651: as.vector(x, mode)
650: as.vector(x, mode)
649: as.vector(x, mode)
648: as.vector(x, mode)
647: as.vector(x, mode)
646: as.vector(x, mode)
645: as.vector(x, mode)
644: as.vector(x, mode)
643: as.vector(x, mode)
642: as.vector(x, mode)
641: as.vector(x, mode)
640: as.vector(x, mode)
639: as.vector(x, mode)
638: as.vector(x, mode)
637: as.vector(x, mode)
636: as.vector(x, mode)
635: as.vector(x, mode)
634: as.vector(x, mode)
633: as.vector(x, mode)
632: as.vector(x, mode)
631: as.vector(x, mode)
630: as.vector(x, mode)
629: as.vector(x, mode)
628: as.vector(x, mode)
627: as.vector(x, mode)
626: as.vector(x, mode)
625: as.vector(x, mode)
624: as.vector(x, mode)
623: as.vector(x, mode)
622: as.vector(x, mode)
621: as.vector(x, mode)
620: as.vector(x, mode)
619: as.vector(x, mode)
618: as.vector(x, mode)
617: as.vector(x, mode)
616: as.vector(x, mode)
615: as.vector(x, mode)
614: as.vector(x, mode)
613: as.vector(x, mode)
612: as.vector(x, mode)
611: as.vector(x, mode)
610: as.vector(x, mode)
609: as.vector(x, mode)
608: as.vector(x, mode)
607: as.vector(x, mode)
606: as.vector(x, mode)
605: as.vector(x, mode)
604: as.vector(x, mode)
603: as.vector(x, mode)
602: as.vector(x, mode)
601: as.vector(x, mode)
600: as.vector(x, mode)
599: as.vector(x, mode)
598: as.vector(x, mode)
597: as.vector(x, mode)
596: as.vector(x, mode)
595: as.vector(x, mode)
594: as.vector(x, mode)
593: as.vector(x, mode)
592: as.vector(x, mode)
591: as.vector(x, mode)
590: as.vector(x, mode)
589: as.vector(x, mode)
588: as.vector(x, mode)
587: as.vector(x, mode)
586: as.vector(x, mode)
585: as.vector(x, mode)
584: as.vector(x, mode)
583: as.vector(x, mode)
582: as.vector(x, mode)
581: as.vector(x, mode)
580: as.vector(x, mode)
579: as.vector(x, mode)
578: as.vector(x, mode)
577: as.vector(x, mode)
576: as.vector(x, mode)
575: as.vector(x, mode)
574: as.vector(x, mode)
573: as.vector(x, mode)
572: as.vector(x, mode)
571: as.vector(x, mode)
570: as.vector(x, mode)
569: as.vector(x, mode)
568: as.vector(x, mode)
567: as.vector(x, mode)
566: as.vector(x, mode)
565: as.vector(x, mode)
564: as.vector(x, mode)
563: as.vector(x, mode)
562: as.vector(x, mode)
561: as.vector(x, mode)
560: as.vector(x, mode)
559: as.vector(x, mode)
558: as.vector(x, mode)
557: as.vector(x, mode)
556: as.vector(x, mode)
555: as.vector(x, mode)
554: as.vector(x, mode)
553: as.vector(x, mode)
552: as.vector(x, mode)
551: as.vector(x, mode)
550: as.vector(x, mode)
549: as.vector(x, mode)
548: as.vector(x, mode)
547: as.vector(x, mode)
546: as.vector(x, mode)
545: as.vector(x, mode)
544: as.vector(x, mode)
543: as.vector(x, mode)
542: as.vector(x, mode)
541: as.vector(x, mode)
540: as.vector(x, mode)
539: as.vector(x, mode)
538: as.vector(x, mode)
537: as.vector(x, mode)
536: as.vector(x, mode)
535: as.vector(x, mode)
534: as.vector(x, mode)
533: as.vector(x, mode)
532: as.vector(x, mode)
531: as.vector(x, mode)
530: as.vector(x, mode)
529: as.vector(x, mode)
528: as.vector(x, mode)
527: as.vector(x, mode)
526: as.vector(x, mode)
525: as.vector(x, mode)
524: as.vector(x, mode)
523: as.vector(x, mode)
522: as.vector(x, mode)
521: as.vector(x, mode)
520: as.vector(x, mode)
519: as.vector(x, mode)
518: as.vector(x, mode)
517: as.vector(x, mode)
516: as.vector(x, mode)
515: as.vector(x, mode)
514: as.vector(x, mode)
513: as.vector(x, mode)
512: as.vector(x, mode)
511: as.vector(x, mode)
510: as.vector(x, mode)
509: as.vector(x, mode)
508: as.vector(x, mode)
507: as.vector(x, mode)
506: as.vector(x, mode)
505: as.vector(x, mode)
504: as.vector(x, mode)
503: as.vector(x, mode)
502: as.vector(x, mode)
501: as.vector(x, mode)
500: as.vector(x, mode)
499: as.vector(x, mode)
498: as.vector(x, mode)
497: as.vector(x, mode)
496: as.vector(x, mode)
495: as.vector(x, mode)
494: as.vector(x, mode)
493: as.vector(x, mode)
492: as.vector(x, mode)
491: as.vector(x, mode)
490: as.vector(x, mode)
489: as.vector(x, mode)
488: as.vector(x, mode)
487: as.vector(x, mode)
486: as.vector(x, mode)
485: as.vector(x, mode)
484: as.vector(x, mode)
483: as.vector(x, mode)
482: as.vector(x, mode)
481: as.vector(x, mode)
480: as.vector(x, mode)
479: as.vector(x, mode)
478: as.vector(x, mode)
477: as.vector(x, mode)
476: as.vector(x, mode)
475: as.vector(x, mode)
474: as.vector(x, mode)
473: as.vector(x, mode)
472: as.vector(x, mode)
471: as.vector(x, mode)
470: as.vector(x, mode)
469: as.vector(x, mode)
468: as.vector(x, mode)
467: as.vector(x, mode)
466: as.vector(x, mode)
465: as.vector(x, mode)
464: as.vector(x, mode)
463: as.vector(x, mode)
462: as.vector(x, mode)
461: as.vector(x, mode)
460: as.vector(x, mode)
459: as.vector(x, mode)
458: as.vector(x, mode)
457: as.vector(x, mode)
456: as.vector(x, mode)
455: as.vector(x, mode)
454: as.vector(x, mode)
453: as.vector(x, mode)
452: as.vector(x, mode)
451: as.vector(x, mode)
450: as.vector(x, mode)
449: as.vector(x, mode)
448: as.vector(x, mode)
447: as.vector(x, mode)
446: as.vector(x, mode)
445: as.vector(x, mode)
444: as.vector(x, mode)
443: as.vector(x, mode)
442: as.vector(x, mode)
441: as.vector(x, mode)
440: as.vector(x, mode)
439: as.vector(x, mode)
438: as.vector(x, mode)
437: as.vector(x, mode)
436: as.vector(x, mode)
435: as.vector(x, mode)
434: as.vector(x, mode)
433: as.vector(x, mode)
432: as.vector(x, mode)
431: as.vector(x, mode)
430: as.vector(x, mode)
429: as.vector(x, mode)
428: as.vector(x, mode)
427: as.vector(x, mode)
426: as.vector(x, mode)
425: as.vector(x, mode)
424: as.vector(x, mode)
423: as.vector(x, mode)
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404: as.vector(x, mode)
403: as.vector(x, mode)
402: as.vector(x, mode)
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313: as.vector(x, mode)
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306: as.vector(x, mode)
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283: as.vector(x, mode)
282: as.vector(x, mode)
281: as.vector(x, mode)
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222: as.vector(x, mode)
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220: as.vector(x, mode)
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218: as.vector(x, mode)
217: as.vector(x, mode)
216: as.vector(x, mode)
215: as.vector(x, mode)
214: as.vector(x, mode)
213: as.vector(x, mode)
212: as.vector(x, mode)
211: as.vector(x, mode)
210: as.vector(x, mode)
209: as.vector(x, mode)
208: as.vector(x, mode)
207: as.vector(x, mode)
206: as.vector(x, mode)
205: as.vector(x, mode)
204: as.vector(x, mode)
203: as.vector(x, mode)
202: as.vector(x, mode)
201: as.vector(x, mode)
200: as.vector(x, mode)
199: as.vector(x, mode)
198: as.vector(x, mode)
197: as.vector(x, mode)
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171: as.vector(x, mode)
170: as.vector(x, mode)
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168: as.vector(x, mode)
167: as.vector(x, mode)
166: as.vector(x, mode)
165: as.vector(x, mode)
164: as.vector(x, mode)
163: as.vector(x, mode)
162: as.vector(x, mode)
161: as.vector(x, mode)
160: as.vector(x, mode)
159: as.vector(x, mode)
158: as.vector(x, mode)
157: as.vector(x, mode)
156: as.vector(x, mode)
155: as.vector(x, mode)
154: as.vector(x, mode)
153: as.vector(x, mode)
152: as.vector(x, mode)
151: as.vector(x, mode)
150: as.vector(x, mode)
149: as.vector(x, mode)
148: as.vector(x, mode)
147: as.vector(x, mode)
146: as.vector(x, mode)
145: as.vector(x, mode)
144: as.vector(x, mode)
143: as.vector(x, mode)
142: as.vector(x, mode)
141: as.vector(x, mode)
140: as.vector(x, mode)
139: as.vector(x, mode)
138: as.vector(x, mode)
137: as.vector(x, mode)
136: as.vector(x, mode)
135: as.vector(x, mode)
134: as.vector(x, mode)
133: as.vector(x, mode)
132: as.vector(x, mode)
131: as.vector(x, mode)
130: as.vector(x, mode)
129: as.vector(x, mode)
128: as.vector(x, mode)
127: as.vector(x, mode)
126: as.vector(x, mode)
125: as.vector(x, mode)
124: as.vector(x, mode)
123: as.vector(x, mode)
122: as.vector(x, mode)
121: as.vector(x, mode)
120: as.vector(x, mode)
119: as.vector(x, mode)
118: as.vector(x, mode)
117: as.vector(x, mode)
116: as.vector(x, mode)
115: as.vector(x, mode)
114: as.vector(x, mode)
113: as.vector(x, mode)
112: as.vector(x, mode)
111: as.vector(x, mode)
110: as.vector(x, mode)
109: as.vector(x, mode)
108: as.vector(x, mode)
107: as.vector(x, mode)
106: as.vector(x, mode)
105: as.vector(x, mode)
104: as.vector(x, mode)
103: as.vector(x, mode)
102: as.vector(x, mode)
101: as.vector(x, mode)
100: as.vector(x, mode)
99: as.vector(x, mode)
98: as.vector(x, mode)
97: as.vector(x, mode)
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92: as.vector(x, mode)
91: as.vector(x, mode)
90: as.vector(x, mode)
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84: as.vector(x, mode)
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78: as.vector(x, mode)
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74: as.vector(x, mode)
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70: as.vector(x, mode)
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60: as.vector(x, mode)
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58: as.vector(x, mode)
57: as.vector(x, mode)
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55: as.vector(x, mode)
54: as.vector(x, mode)
53: as.vector(x, mode)
52: as.vector(x, mode)
51: as.vector(x, mode)
50: as.vector(x, mode)
49: as.vector(x, mode)
48: as.vector(x, mode)
47: as.vector(x, mode)
46: as.vector(x, mode)
45: as.vector(x, mode)
44: as.vector(x, mode)
43: as.vector(x, mode)
42: as.vector(x, mode)
41: as.vector(x, mode)
40: as.vector(x, mode)
39: as.vector(x, mode)
38: as.vector(x, mode)
37: as.vector(x, mode)
36: as.vector(x, mode)
35: as.vector(x, mode)
34: as.vector(x, mode)
33: as.vector(x, mode)
32: as.vector(x, mode)
31: as.vector(x, mode)
30: as.vector(x, mode)
29: as.vector(x, mode)
28: as.vector(x, mode)
27: as.vector(x, mode)
26: as.vector(x, mode)
25: as.vector(x, mode)
24: as.vector(x, mode)
23: as.vector(x, mode)
22: as.vector(x, mode)
21: as.vector(x, mode)
20: as.vector(x, mode)
19: as.vector(x, mode)
18: as.vector(x, mode)
17: as.vector(x, mode)
16: as.vector(x, mode)
15: as.vector(x, mode)
14: as.vector(x, mode)
13: as.vector(x, mode)
12: as.vector(x, mode)
11: as.vector(x, mode)
10: as.vector(x, mode)
9: as.vector(x, "character")
8: as.vector(x, "character")
7: as.character.default(statement)
6: as.character(statement)
5: sqliteSendQuery(conn, statement)
4: .local(conn, statement, ...)
3: DBI::dbSendQuery(conn, query)
2: DBI::dbSendQuery(conn, query)
1: (function (sql, outputFile, options)
{
is_sql_update_query <- function(query) {
query <- gsub("^\\s*--.*\n", "", query)
if (grepl("^\\s*\\/\\*.*", query)) {
query <- gsub(".*\\*\\/", "", query)
}
grepl("^\\s*(INSERT|UPDATE|DELETE|CREATE).*", query,
ignore.case = TRUE)
}
dir.create(dirname(outputFile), recursive = TRUE, showWarnings = FALSE)
max.print <- if (is.null(options$max.print))
getOption("max.print", 1000)
else as.numeric(options$max.print)
max.print <- if (is.null(options$sql.max.print))
max.print
else as.numeric(options$sql.max.print)
if (is.null(options$connection))
stop("The 'connection' option (DBI connection) is required for sql chunks.")
conn <- get(options$connection, envir = globalenv())
if (is.null(conn))
stop("The 'connection' option must be a valid DBI connection.")
varnames_from_sql <- function(conn, sql) {
varPos <- DBI::sqlParseVariables(conn, sql)
if (length(varPos$start) > 0) {
varNames <- substring(sql, varPos$start, varPos$end)
sub("^\\?", "", varNames)
}
}
mexists <- function(x, env = globalenv(), inherits = TRUE) {
vapply(x, exists, logical(1), where = env, inherits = inherits)
}
interpolate_from_env <- function(conn, sql, env = globalenv(),
inherits = TRUE) {
names <- unique(varnames_from_sql(conn, sql))
names_missing <- names[!mexists(names, env, inherits)]
if (length(names_missing) > 0) {
stop("Object(s) not found: ", paste("\"", names_missing,
"\"", collapse = ", "))
}
args <- if (length(names) > 0)
setNames(mget(names, envir = env, inherits = inherits),
names)
do.call(DBI::sqlInterpolate, c(list(conn, sql), args))
}
varname <- options$output.var
query <- interpolate_from_env(conn, sql)
if (is.null(varname) && max.print > 0 && !is_sql_update_query(query)) {
res <- DBI::dbSendQuery(conn, query)
data <- DBI::dbFetch(res, n = max.print)
DBI::dbClearResult(res)
}
else {
data <- DBI::dbGetQuery(conn, query)
}
if (!is.null(varname)) {
assign(varname, data, envir = globalenv())
}
else {
x <- data
save(x, file = outputFile)
}
})("SELECT * FROM EVENTS_ID", "/home/.rstudio-desktop/notebooks/567F01E3-Notebook/1/61A0FD15/csyikkfh4nozt/00006b.rdf",
list(connection = "db", engine = "sql", label = "unnamed-chunk-7",
max.print = 10))
If I run Cstack_info() after the error I get the following
size current direction eval_depth
7969177 15104 1 2